地址：臺南市六甲區工研路8號
工研院南分院於民國94年10月14日開幕運作，與新竹本院連動，以創新技術與服務，配合整體區域產業發展政策，協助南台灣產業升級。六甲院區與烏山頭水庫比鄰，院區景緻怡人，強調開放、參與、交流。現規劃6大核心技術，朝國際一流前瞻科技研發中心邁進，並與產學密切合作，研發團隊進駐並經營經濟部南台灣創新園區，協助廠商創業育成。
本院南分院以家庭網路、微系統、雷射應用、奈米粉體與薄膜應用及人機互動、科技化照護等中心實質經營，在各項發展上，都有長足進展，並已站穩腳步。
南分院在經濟部「南部產業共同實驗室環構計畫」支持下，投入新台幣7,500萬建置微系統、材料及雷射共同實驗室，包含完成行動無線模組功能驗證平台及微致動感測元件設計與分析平台；建置與既有微機電相關設備與南部學研互補之CMOS MEMS設計／微機電被動和主動元件／模組及材料的特性檢測環境。
此外，以南台灣資源分享中心為平台，結合南部8校(成大、中山、中正、南台、高應大、第一科大、勤益)近400台設備，建構微系統、雷射、材料的南台灣無藩籬虛擬共用實驗室已初步架構完成。結合實體及虛擬實驗室，將能發揮將南台灣學研設備最大效益。