本區之命名據傳說乃三百六十年前，鄭氏時期鄭成功參軍陳永華駐軍在此，開墾荒地，最初開墾面積有二甲、六甲、七甲不等，於是以面積為村號，后遂沿稱為二甲、六甲、七甲等村合併為一鄉，六甲位屬中心，故稱為六甲鄉。
本區住民祖先大都來自福建，清領初期台灣隸屬福建省，設台府而分置三縣，本區隸屬諸羅縣赤山堡轄，清光緒二十年(1894)清日甲午戰爭，翌年，清國戰敗，雙方簽訂馬關條約，清國將台灣割讓予日本，本區改為嘉義縣六甲警察置轄內，自明治33年(1900年)11月廢置廳，時改歸為鹽水港廳，當時稱為六甲區，明治41年(1908年)廢廳合縣，復改歸屬台南廳六甲支廳轄內，大正9年(1920年)10月1日地方制度改正，改為台南州曾文郡六甲庄，初代庄長主辦半地方自治行政以十四部落形成，迄至1945年二戰後，本鄉改為六甲鄉。
自日治時期開始「六甲」為地域名號，乃係當時，之所以合併二甲、六甲、七甲、為一支廳時，「六甲」位在中心地帶，故名。